微生物污染是指微生物在膜－水界面上積累，從而影響系統性能的現象。由于地表水和淺層地下水都存在著微生物，而膜組件內部潮濕陰暗的環境可為微生物生長提供理想環境，若在進入反滲透系統前不加以殺滅，這些微生物將以反滲透膜為載體借助反滲透濃水段的營養鹽而繁殖生長。發生微生物污染時通常還會伴有有機物污染。 通常會投加殺菌劑。

       反滲透給水中的微生物包括細菌、藻類、真菌及其芽抱、抱子和病毒。細菌顆粒極小，粒徑一般為 l-3 μm，病毒則更小，粒徑為 0.01- 0.2 pm，藻類、真菌比細菌大很多。細菌的含量通常很大，含量大時，一滴水中可含有幾千萬個細菌；含量少時，l mL 水中也含有幾個細菌。地表水含微生物較多。近年來在地下水中也常發現細菌繁衍的事例。微生物可視為膠體，帶有負電荷，通過凝聚、過濾可除去大部分。但徹除去，則十分困難。盡管采用氯化消毒、氧化等手段，仍會有少數存在，甚至以抱子的形式暫時隱蔽起來。有事例證明，即使采取精密過濾、超濾，有時也不盡人意。反滲透給水系統中的微生物粘泥(生物膜)是微生物在具有有機物和無機物的營養環境下，在膜表面新陳代謝而形成的。特別是在水通量過高或發生濃差極化時，微生物以數倍的增速快速繁殖。微生物膜是一種膠粘物，其粘附力很強，難以清除，可以保護微生物不會因水流剪切作用而被沖走，也不易受化學消毒藥劑的影響。由于不易徹底清除，因而加速粘泥的再生，這些微生物屬于附著細菌。

       在反滲透膜污染的幾個類型(微生物污染、化學污染、顆粒和膠體污染)中，微生物污染具有它的特殊性，是造成反滲透水處理運行困難的重要原因。目前。通常認為，給水污染指數(污泥密度指數，簡稱(SDI)具有包容微顆粒污染的綜合特征，所以往往把預處理的重點集中于SDI 上。國際上各膜生產廠家對給水微生物也未規定具體指標。所以，無論是對地表水還是地下水的處理，常常認為，只要 SDI 合格，并采取了防垢控制措施，反滲透給水處理就有了保障。然而事實上，反滲透水處理系統投產后，不長的時間內微生物污染就會出現，引起壓差增大數倍、產水量大幅度下降等嚴重危害。 

反滲透膜面上微生物污染的特點 

       反滲透膜面上的微生物污染具有特殊性，其特點如下： 

       （1）給水 SDI 合格，并不能保證避免微生物污染。給水 SDI<4，甚至 SDI <3 時，仍然可能在膜表面出現大量粘泥狀生物膜，它取決于水中細菌的繁殖狀況和水通量的大小。 

       （2）微生物污染發展迅速。一旦膜上出現細菌群落，特別是在出現濃差極化的情況下，在一二個月內，甚至數天內，就會生成粘泥膜，出現過高的給水壓降，為保持反滲透的產水量，給水泵的壓力就需提高，增大電力消耗。 

       （3）生物膜(生物粘泥)在造成膜污染的同時，增大膜的透水阻力，使產水量下降，并可能使產品水質下降。膜污染促使隔網污染，造成給水壓降上升。

       （4）生物膜(粘泥)不溶于酸，難溶于堿，幾乎不受水流剪切力的影響，即使頻繁沖洗，也不能被沖掉。消毒殺菌也很難把它徹底清除。